Действие игры «S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти» разворачивается спустя несколько недель после событий, изложенных в игре «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля». После того, как главный герой «Тени Чернобыля» Меченый отключил «выжигатель мозгов», проход к центру Зоны оказался открыт. Правительство решает провести крупномасштабную военную операцию «Фарватер» по взятию ЧАЭС под свой контроль. Согласно плану этой операции, первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории, чтобы впоследствии составить детальные планы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам выдвинутся основные силы военных. Однако план проваливается, большинство вертолётов разведки уничтожено. Для того, чтобы узнать причину такого фиаско, Служба безопасности Украины направляет Александра Дегтярева, своего агента, в центр Зоны. Именно Дегтярев является протагонистом игры. Первостепенной задачей Дегтярева является поиск пяти пропавших вертолётов, в каждом из которых содержится часть некой важной информации. В игре будут присутствовать три группировки — «Долг», «Свобода», «Бандиты». Присоединяться к какой-либо группировке невозможно, однако возможно сотрудничать или враждовать с ними.
Основные нововведения игры
Воссозданная восточная часть города Припять, железнодорожная станция Янов, завод «Юпитер», поселок Копачи и др. Более 70 созданых вручную квестов. Новые монстры: химера и бюрер. Редизайн монстров. Улучшенная система A-Life. Введение шлема(или противогаза), как отдельного компонента экипировки. Динамические (случайные) выбросы будут влиять на мир Зоны. Добавлена функция сна на базах сталкеров. Обновлён интерфейс игрока. Появится возможность продолжить игру в режиме freeplay после ее прохождения. Изменились способы расположения аномалий - теперь они будут находиться в основном группами, между ними будет расположен какой нибудь ценный артефакт, до которого можно добраться с помощью болтов и детектора. От группировок остались лишь небольшие группы их бывших представителей. Убрана "война группировок", игрок, как и в первой части, не может вступить ни в одну из них. В игре будут присутствовать пять игровых локаций, приблизительный размер трёх из них — 1,5×1,5 км. Первая локация — «Затон», — болотистая местность с множественными сельскохозяйственными сооружениями. Вторая локация — «Завод „Юпитер“», которая будет представлять собой урбанистический пейзаж. Третья локация — «Припять», которая является финальной. А так же два подземелья.[10] Так же со слов разработчиков будет больший уклон в RPG-сторону.